Добавляем параметр git config --global если нужно задать параметры глобально, а не в рамках проекта.

Убрать проблемы с разделением строк Windows / Linux

git config core.autocrlf input
git config core.eol lf

Отключить проверку разрешений файлов

git config core.fileMode false

Глобальный ./gitignore

файл .gitignore должен находится в папке профиля

git config core.excludesFile "%USERPROFILE%\.gitignore"