Для проверки дисков при каждой загрузке сервера можно использвать следующие решение:

Правим /etc/rc, а именно добавим сразу после export HOME PATH (50-51 строки) строку fsck -f -y

...
export HOME PATH
fsck -f -y
...

Сервер грузится дольше, но надежнее.

Можно еще добавить в etc/rc.conf параметр background_fsck="NO" чтобы исключить фоновую проверку дисков, т.к. по сути она не нужна.