Останавливаем squid:
proxy# squid -k shutdown
или
proxy# service squid stop
Удаляем содержимое каталога с кэшируемыми файлами (найти путь можно в файле squid.conf):
proxy# rm -r /squid/cachedir/*
Создаём кэш сервера SQUID заново:
proxy# squid -z