При загрузке системы постоянно начиналась проверка диска, даже если она доходила до завершения то при новой загрузке диск проверялся снова. Решилась выполнением из командной строки chkdsk /f d:

Команда: chkdsk [том:[[путь]имя_файла]] [/f] [/v] [/r] [/x] [/i] [/c] [/l[:размер]] - выполняет проверку указанного диска при помощи программы Check Disk.

При вызове без аргументов осуществляется проверка текущего диска, определяет метку тома проверяемого диска, точку подключения либо имя диска с двоеточием (например, C:);

[[путь]имя_файла] — имя файла или группы файлов для проверки на фрагментацию. Используется только в файловой системе FAT/FAT32;

/f — выполнение проверки на наличие ошибок и их автоматическое исправление;

/v — в процессе проверки диска выводить полные пути и имена хранящихся на диске файлов. Для дисков, содержащих разделы NTFS, также выводятся сообщения об очистке;

/r - выполнить поиск поврежденных секторов и восстановить их содержимое. Требует обязательного использования ключа /f;

/x — в случае необходимости выполнить отключение тома перед его проверкой. После отключения все текущие дескрипторы для данного тома будут недействительны. Требует обязательного использования ключа /f;

/l:размер — в ходе проверки изменить размер файла журнала до указанной величины (в килобайтах). Если значение не указано, выводится текущий размер файла. Используется только в файловой системе NTFS;

/i — не проводить строгую проверку индексных элементов. Используется только в файловой системе NTFS;

/c — не проводить проверку циклов внутри структуры папок. Используется только в файловой системе NTFS.