Останавливаем squid:

proxy# squid -k shutdown

или

proxy# service squid stop

Удаляем содержимое каталога с кэшируемыми файлами (найти путь можно в файле squid.conf):

proxy# rm -r /squid/cachedir/*

Создаём кэш сервера SQUID заново:

proxy# squid -z