Останавливаем мускул:

# /usr/local/etc/rc.d/mysql-server stop
Stopping mysql.
Waiting for PIDS: 12677.

Запускаем мускул с опциями --skip-grant-tables

# mysqld_safe --skip-grant-tables

Подключаемся к серверу по рутом

# mysql -u root

Меняем пароль руту:

mysql> use mysql;
mysql> update user set password=PASSWORD('root_password') where user='root' and host='localhost';
mysql> flush privileges;
mysql> quit;

Останавливаем сервер:

# killall -9 mysql

Перезапускаем мускул и проверяем новый пароль.

# /usr/local/etc/rc.d/mysql-server restart